区域： 2019,35(10)

文件编号： SWJT201910018

conclusion： 通过本研究,明确了环状芽孢杆菌的泛基因组和核心基因组大小,预测了其次级代谢通路,有助于我们全面了解环状芽孢杆菌,为进一步更好地利用该菌株提供线索。

作者： 姚彩苗,赵雯雅,汪步青,郑利艳,张丽萍,刘洪伟

第一作者： 姚彩苗

版本： 1

类型： 研究论文

关键字： 环状芽孢杆菌,泛基因组,次级代谢,基因组挖掘

结果： 9株菌的基因组大小在5.01-9.63Mb之间,在进化树上被归为了两个分支。通过泛基因组和核心基因组分析,发现其泛基因组含有9 572个基因家族,核心基因组由3 622个基因家族组成;共鉴定出4 593个特有基因,其中菌株NCTC2610的特有基因最多（3 030个）,而菌株NBRC 13626的特有基因最少（39个）。通过次级代谢产物合成基因簇分析,9个环状芽孢杆菌基因组中共发现6类、32个次级代谢基因簇,重复出现最多的代谢通路是羊毛硫肽、套索肽和萜烯类化合物合成通路。

摘要： 旨为对环状芽孢杆菌基因组进行更深入的了解,并探索其次级代谢通路。从NCBI数据库下载了9个环状芽孢杆菌的基因组,利用系统发育分析软件、泛基因组分析软件和次级代谢产物挖掘软件对其进行了分析。9株菌的基因组大小在5.01-9.63Mb之间,在进化树上被归为了两个分支。通过泛基因组和核心基因组分析,发现其泛基因组含有9 572个基因家族,核心基因组由3 622个基因家族组成;共鉴定出4 593个特有基因,其中菌株NCTC2610的特有基因最多（3 030个）,而菌株NBRC 13626的特有基因最少（39个）。通过次级代谢产物合成基因簇分析,9个环状芽孢杆菌基因组中共发现6类、32个次级代谢基因簇,重复出现最多的代谢通路是羊毛硫肽、套索肽和萜烯类化合物合成通路。通过本研究,明确了环状芽孢杆菌的泛基因组和核心基因组大小,预测了其次级代谢通路,有助于我们全面了解环状芽孢杆菌,为进一步更好地利用该菌株提供线索。

数据库： CNKI

期刊类型： 北大核心,统计源核心

区域：

链接地址： https://kns.cnki.net/kcms/detail/detail.aspx?DbName=CJFDLAST2019&FileName=SWJT201910018

引用数量： 2

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时间： 2019-05-15T16:00:00.000Z

来源： 生物技术通报

编号： 634020

期刊： 2019,35(10):130-136

期刊： 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2019-0266

研究机构： 1. 中国人民解放军联勤保障部队第九八〇医院检验实验科,2. 河北省科学院生物研究所

方法： 从NCBI数据库下载了9个环状芽孢杆菌的基因组,利用系统发育分析软件、泛基因组分析软件和次级代谢产物挖掘软件对其进行了分析。

标题： 环状芽孢杆菌泛基因组分析及次级代谢通路挖掘

objective： 旨为对环状芽孢杆菌基因组进行更深入的了解,并探索其次级代谢通路。

发表时间： 2019-05-16